腳本編程

一、$

變量：$0為文件名，$1-9為變量，$10以上要加{},如${10}，否則第二位會被默認作為$1后的連結(jié)

二、循環(huán)

ls GSE129785_scATAC-{P,T}* | while read id;do echo $id;done

for id in GSE129785_scATAC-{P,T}*;do echo $id;done

三、反引號

單引號和雙引號會剝奪命令是之變成字符串，

但`` 會先執(zhí)行反引號中的命令

for id in `cat config`;do echo $id;done

ls ~/scRNA/atac/*.gz | while read id;do ln -s $id `basename $id`;done

注意：反引號和$()是一樣的，稱為命令替換。${}被稱為變量替換，見002-六、

詳見：https://www.cnblogs.com/chengd/p/7803664.html

四、重定向

1、輸出重定向

bash tmp2.sh 1 > result.txt? #1前面可以有空格

2、錯誤輸出重定向

bash tmp2.sh 2> result.txt? #2前面不能有空格

詳見：https://blog.csdn.net/spaceship20008/article/details/8475267

五、basename

六、%%.*

一個百分號就是去掉最后一個.及右，兩個就是去掉第一個.及右

1、text=GSE129785_scATAC-Hematopoiesis-CD34.peaks.txt.gz;echo ${text%.*}

GSE129785_scATAC-Hematopoiesis-CD34.peaks.txt

2、text=GSE129785_scATAC-Hematopoiesis-CD34.peaks.txt.gz;echo ${text%%.*}

GSE129785_scATAC-Hematopoiesis-CD34