多組學(xué)聯(lián)合分析的思路，為機(jī)制探究提供更多的可能。今天，來說一下轉(zhuǎn)錄組和蛋白組聯(lián)合分析。以“transcriptome and proteome”作為關(guān)鍵詞，在PubMed中檢索，發(fā)現(xiàn)近一年相關(guān)文獻(xiàn)已經(jīng)有2219篇了，可見是一個(gè)比較火的熱點(diǎn)話題。

然而，發(fā)表的分值卻差別較大，3分到幾十分不等。同樣的主題，為什么差異這么大呢？小薇今天就選擇幾篇文章，看看他們的研究思路是怎樣變化的，如何才能實(shí)現(xiàn)從低分到高分的進(jìn)階。

Integrative analysis of the proteome and transcriptome in gastric cancer identified LRP1B as a potential biomarker. Biomark Med. 2022 Oct;16(15):1101-1111. [PMID: 36606427；IF=2.498；4區(qū)]

研究主題：對胃癌的蛋白質(zhì)組和轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行整合分析，發(fā)現(xiàn)LRP1B是一個(gè)潛在的生物標(biāo)志物。

細(xì)胞樣本：兩株人胃腺癌細(xì)胞株(MKN45和AGS)；正常胃上皮細(xì)胞系(GES-1)

測序分析：DIA蛋白組學(xué)檢測篩選差異蛋白。RNA測序數(shù)據(jù)從TCGA下載，獲得差異基因。整合后，選擇轉(zhuǎn)錄組和蛋白組中變化最顯著的LRP1B進(jìn)行功能研究。

小薇碎碎念：這篇文章只有蛋白組的數(shù)據(jù)是自測的，并且是細(xì)胞數(shù)據(jù)；而轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)是TCGA中獲得的組織RNA數(shù)據(jù)。文章設(shè)計(jì)的缺陷還是比較明顯的，兩種組學(xué)的數(shù)據(jù)并不匹配，所以整體來說不太好發(fā)高分。

What Do the Transcriptome and Proteome of Menstrual Blood-Derived Mesenchymal Stem Cells Tell Us about Endometriosis? Int J Mol Sci. 2022 Sep 29;23(19):11515. [PMID: 36232817；IF=6.208；2區(qū)].

研究主題：經(jīng)期血源性間充質(zhì)干細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組告訴我們子宮內(nèi)膜異位癥的什么?

研究樣本：收集子宮內(nèi)膜異位癥患者和健康對照志愿者的經(jīng)血，消毒后培養(yǎng)，獲得月經(jīng)間充質(zhì)干細(xì)胞。

測序分析：RNA-seq進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序篩選差異基因；UHPLC-MS/MS進(jìn)行蛋白組測序篩選差異蛋白。差異基因和蛋白進(jìn)行整合，對這些重合靶點(diǎn)進(jìn)行GSEA功能富集分析。

小薇碎碎念：該研究整體不復(fù)雜，測序后的分析只做了個(gè)功能富集分析。可見，保證同一套樣本后，即使沒有做過多的分析，也能發(fā)到四分以上。

Comparative transcriptome and proteome profiles reveal the regulation mechanism of low temperature on garlic greening. Food Res Int. 2022 Nov;161:111823. [PMID: 36192892；IF=7.425；1區(qū)].

研究主題：通過轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組的比較，揭示了低溫對大蒜變綠的調(diào)控機(jī)制。

研究樣本：4°C（變綠）和30°C（不變綠）儲藏條件下的大蒜。

測序分析：RNA-seq轉(zhuǎn)錄組篩選差異基因；iTRAQ技術(shù)蛋白質(zhì)組篩選差異蛋白。差異蛋白和基因進(jìn)行聯(lián)合分析，進(jìn)行GO和KEGG分析，篩選出一些關(guān)鍵的通路。用qPCR對通路上的關(guān)鍵基因的表達(dá)水平進(jìn)行檢測（流程圖如下）。

小薇碎碎念：這篇文章在差異基因和蛋白整合后，進(jìn)行了GO和KEGG分析，最后用qPCR對重點(diǎn)關(guān)注的基因進(jìn)行驗(yàn)證。稍微添加點(diǎn)實(shí)驗(yàn)可以使文章更上一個(gè)水平。

Whole transcriptome and proteome analyses identify potential targets and mechanisms underlying tumor treating fields against glioblastoma. Cell Death Dis. 2022 Aug 18;13(8):721. [PMID: 35982032；IF=9.685；1區(qū)].

研究主題：全轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組分析確定了潛在的靶點(diǎn)和潛在的腫瘤電場療法對抗膠質(zhì)母細(xì)胞瘤的機(jī)制

研究樣本：DBTRG和U251細(xì)胞，并且用TTFields干預(yù)。

測序分析：TMT標(biāo)記蛋白質(zhì)組學(xué)；全轉(zhuǎn)錄組分析（mRNAs、miRNAs、lncRNAs和circRNAs）；篩選差異蛋白、mRNAs、miRNAs、lncRNAs和circRNAs；對所有的差異靶點(diǎn)進(jìn)行功能富集分析，發(fā)現(xiàn)影響核蛋白和細(xì)胞有絲分裂相關(guān)事件。隨后證實(shí)抑制自噬可以增強(qiáng)TTFields治療效果。另外，一個(gè)lncRNA CDK2-as1是潛在的靶點(diǎn)，對其功能做了研究。

小薇碎碎念：這篇文章比較完整，發(fā)現(xiàn)TTFields影響的功能可能與自噬有關(guān)。沿著這個(gè)線索，做了細(xì)胞實(shí)驗(yàn)的驗(yàn)證，并且選擇一個(gè)關(guān)鍵的靶點(diǎn)進(jìn)行詳細(xì)的實(shí)驗(yàn)。

大致分享完這幾篇后，不知道大家發(fā)現(xiàn)其中的規(guī)律沒有。簡單的測序和功能富集分析是必須的，最好是可以保證同一套樣本。想要文章質(zhì)量更上一層樓，可以對基因/蛋白影響的通路進(jìn)行詳細(xì)的研究；還可以對關(guān)鍵的基因進(jìn)行功能實(shí)驗(yàn)研究。從另一個(gè)角度來說，實(shí)驗(yàn)量的多少也能反映出文章的質(zhì)量。大家學(xué)廢了嗎？