在做單細(xì)胞測(cè)序的時(shí)候，可能會(huì)存在組織解離存在偏向性的情況，尤其是腦組織，當(dāng)你做流式分選的時(shí)候會(huì)發(fā)現(xiàn)，神經(jīng)元和星形膠質(zhì)細(xì)胞數(shù)量數(shù)量很少，主要是少突膠質(zhì)細(xì)胞或小膠質(zhì)細(xì)胞

但空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)只能粗略的鑒定細(xì)胞類型，如果需要更加精確的結(jié)果，需要結(jié)合同樣樣本的單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)+生信分析

可以把空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)理解成高通量的FISH(熒光原位雜交)

六個(gè)關(guān)鍵步驟：

1.組織形態(tài)學(xué)檢驗(yàn)(切片厚度大概10微米)，HE染色；紅色部分代表組織，綠色部分代表芯片，組織是貼在一個(gè)芯片上的，芯片會(huì)分成不同的區(qū)域(5000個(gè))

2.芯片探針陣列；5000個(gè)區(qū)域中的每一個(gè)區(qū)域，都有幾百萬個(gè)探針，這些探針與組織結(jié)合的部分是polyT ，底部是ID Barcode，每個(gè)區(qū)域的ID是不一樣的，5000個(gè)區(qū)域就有5000個(gè)ID

4.透化；組織貼在芯片上后，加入一些試劑，將組織中的細(xì)胞打孔，讓細(xì)胞中的mRNA能從這些孔中釋放出來，因?yàn)檫@些mRNA帶著polyA的尾巴，所以可以與探針polyT配對(duì)，被探針捕獲，所以被釋放出來的mRNA可以被對(duì)應(yīng)位置(下方芯片上)的探針捕獲。

5.反轉(zhuǎn)錄cDNA時(shí)，會(huì)把探針底端的IDBarcode加在cDNA上，所以后續(xù)測(cè)序的時(shí)候，通過這個(gè)ID Barcode就能知道這條序列來源于組織的哪個(gè)位置

真正的芯片大概是一個(gè)載玻片的大小，會(huì)有4個(gè)捕獲區(qū)，每一張切片是貼到一個(gè)捕獲區(qū)上的，一張芯片上是可以貼四張切片的(按切片數(shù)量收費(fèi))

每個(gè)捕獲區(qū)的大小是6.5*6.5mm，所以切片不要太大也不要太小

每個(gè)捕獲區(qū)上有約5000個(gè)spot(擁有對(duì)應(yīng)的Barcode)，每個(gè)spot(圖上的小圓點(diǎn)，直徑大概55微米)內(nèi)有幾百萬條探針，spot之間存在間隙；由于單個(gè)細(xì)胞的直徑大概是5-10微米，所以覆蓋一個(gè)spot的組織中大約是1-10個(gè)細(xì)胞(即每個(gè)spot捕獲的信息是覆蓋這個(gè)spot組織中的1-10個(gè)細(xì)胞，不是單個(gè)細(xì)胞！??！)