寇恂出身世家大族，原本是新朝的官，王莽的手下。擔任著上谷郡功曹，深受太守耿況的器重。新朝末年，天下大亂。劉玄建立更始政權后，派遣使者招降河北各郡國，太守無奈只能接受。

24年（更始二年），王郎派使者到上谷，讓耿況發(fā)兵援助。寇恂認為劉秀“尊賢下士，士多歸之”，勸說耿況拒絕王郎，歸順劉秀，但遭到了拒絕。于是寇恂殺了使者，投奔了劉秀，此后，寇恂跟隨劉秀開始了南征北戰(zhàn)。

劉秀南下時攻取了洛陽以北的河內郡，封寇恂為河內太守，行大將軍事。這顯然是把他當成了漢朝時的蕭何。他一面管后勤，一面抗敵軍，在東漢建立中也是戰(zhàn)功赫赫。

南征中，寇恂又曾擔任潁川太守。他治理有方，深得百姓愛戴。離任時，老百姓不愿意他離開，請求再借寇恂留任一年，可見他在百姓心中的地位很高。