蛋白質(zhì)磷酸化分析的內(nèi)容主要包括鑒定蛋白質(zhì)是否發(fā)生磷酸化、發(fā)生磷酸化的氨基酸位點(diǎn)以及磷酸化水平等。目前蛋白質(zhì)磷酸化分析方法很多，質(zhì)譜技術(shù)憑借其高靈敏度、高精確度等優(yōu)勢已成為研究蛋白質(zhì)修飾以及蛋白質(zhì)相互作用等的關(guān)鍵技術(shù)。

由于磷酸化蛋白質(zhì)在生物樣本中豐度較低，利用質(zhì)譜技術(shù)進(jìn)行蛋白質(zhì)磷酸化分析前需要對磷酸化蛋白進(jìn)行富集從而提高其豐度。將蛋白酶切后通過親和色譜（IMAC）、磷酸化抗體或TiO2等富集方法對磷酸化肽段進(jìn)行富集，然后對單磷酸化和多磷酸化肽段進(jìn)行分步分離，再分別進(jìn)行串聯(lián)質(zhì)譜分析，最后利用質(zhì)譜數(shù)據(jù)結(jié)合生物信息學(xué)分析，實(shí)現(xiàn)磷酸化蛋白質(zhì)的定性和定量分析。

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