circRNA公眾號全新欄目——生信高級圖，旨在解讀生信分析中那些看上去很高級的圖。

一、介紹

基因功能富集分析之后，一般常規(guī)的展示方式是畫條形圖和氣泡圖，如下圖1所示：

但是，這倆貨不是重點！

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今天的主角是另一種可供展示的圖，這類圖就像一根根弦搭起來一樣，被稱作“弦圖”。

圖2中登場的這個看起來錯綜復雜的圓形圖就是弦圖，是不是很酷炫？這種圖是用R包GOplot中的GOChord函數(shù)畫出來的。它可以方便直觀地展示所選基因和通路（Term）之間的關(guān)系，以及基因的logFC變化。GOChord函數(shù)主要包含三個參數(shù)：data、gene、process，分別代表logFC、基因和通路，將這三個數(shù)據(jù)整理成一個二進制的關(guān)系矩陣即可進行繪制。當然，這個矩陣不僅可以按其要求自行構(gòu)建，也可以使用其自帶函數(shù)chord_dat來構(gòu)建。像其他繪圖功能一樣GOChord為用戶提供了許多參數(shù)來更改繪圖布局，包括標簽字體大小、標簽之間的間距、logFC的色階和色帶顏色的調(diào)整等，我們可以根據(jù)自己的需求進行調(diào)整。

二、圖解

最外圈右側(cè)環(huán)：10 條GO biological process terms，每條term用一種顏色標識。

最外圈左側(cè)環(huán)：基因列，漸變顏色表示基因差異表達倍數(shù)的變化。

內(nèi)圈連線：基因和term之間的關(guān)聯(lián)。

三、應用

作為個性化的生信分析圖，弦圖可以清晰地展示某條通路和基因之間的關(guān)聯(lián)，因此可以用于轉(zhuǎn)錄組學研究中，同時也能應用于基因組、蛋白質(zhì)組和代謝組等統(tǒng)計數(shù)據(jù)。

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