原名：R|rTASSEL進(jìn)行基因組分析（三）

上節(jié)回顧：利用CMplot，qqman進(jìn)行曼哈頓圖繪制。

本節(jié)主要內(nèi)容是：數(shù)據(jù)前處理，過(guò)濾最小等位基因頻率≤0.05的SNP位點(diǎn)。

仍然使用內(nèi)置數(shù)據(jù)包進(jìn)行。

一、代碼為第一節(jié)內(nèi)容（快速抄寫）

到這一步，基因型數(shù)據(jù)與表型數(shù)據(jù)均讀取進(jìn)入。

*內(nèi)置數(shù)據(jù)為279份樣品，3093個(gè)SNP位點(diǎn)

二、去除單態(tài)性和低覆蓋的位點(diǎn)

*過(guò)濾后為2555個(gè)SNP位點(diǎn)

?預(yù)告：

1.使用自己的數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。

2.CMplot、qqman代碼簡(jiǎn)介。

……【后續(xù)想起來(lái)再補(bǔ)充】

安裝rTASSEL以及利用內(nèi)置數(shù)據(jù)進(jìn)行可視化分析：R|rTASSEL進(jìn)行基因組分析(一)

利用CMplot，qqman進(jìn)行曼哈頓圖繪制（內(nèi)置數(shù)據(jù)包）：R|rTASSEL進(jìn)行基因組分析(二)

【最復(fù)雜的代碼，做最簡(jiǎn)單的事?！?/span>