[化學(xué)信息]批量轉(zhuǎn)換.sdf文件為smiles到結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)表格的python腳本
2023-04-08 14:15 作者:遠(yuǎn)去的菠菜 | 我要投稿
requirements:
安裝openbabel-3.1.0 （3.1.1可能報(bào)錯(cuò)）
python3環(huán)境
pip install openbabel 或?conda install openbabel -c conda-forge
1. 導(dǎo)入要匹配的結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)
目的是按照列名Filename匹配所有sdf文件轉(zhuǎn)換成smiles寫(xiě)入第四列
2. 一個(gè)簡(jiǎn)單的腳本
python extrat.py for_extrat.csv 調(diào)用
3. 補(bǔ)充說(shuō)明
不用rdkit的原因：會(huì)報(bào)一些3D分子z方向坐標(biāo)全為0的警告，一些mol不能被kekulize的錯(cuò)誤。
