蛋白質(zhì)表面存在一些側(cè)鏈離子基團(tuán)，如氨基、羧基、酚基、巰基等酸堿性基團(tuán)，因此蛋白質(zhì)和氨基酸一樣本身帶有凈電荷。在不同pH的溶液中解離所帶的正負(fù)電荷不同，當(dāng)?shù)鞍踪|(zhì)解離的正負(fù)電荷相等時，這時的pH值就稱為蛋白的等電點(diǎn)（isoelectric point，pI）。蛋白質(zhì)的等電點(diǎn)與其空間結(jié)構(gòu)有關(guān)，因此對于某一特定蛋白質(zhì)來說其等電點(diǎn)也是固定的。

當(dāng)?shù)鞍踪|(zhì)處于與其等電點(diǎn)相同pH的溶液中時，在該溶液中的溶解度最小，可以從溶液中沉淀出來，故蛋白質(zhì)等電點(diǎn)常用于蛋白質(zhì)的分離和提純。常用的蛋白質(zhì)等電點(diǎn)測定方法主要有傳統(tǒng)的沉淀法、分光光度法和等電聚焦法等，基于毛細(xì)管電泳的等電聚焦法憑借其耗時短、精確度高以及樣本用量少等優(yōu)點(diǎn)已成為等電點(diǎn)測定的強(qiáng)有力工具。毛細(xì)管等電聚焦法利用蛋白質(zhì)在等電點(diǎn)時凈電荷為零的原理將待測蛋白質(zhì)在特殊的緩沖液中進(jìn)行聚丙烯凝膠電泳，這種特殊的緩沖液為兩性電解質(zhì)，可以在凝膠內(nèi)形成連續(xù)的pH梯度，當(dāng)電泳完畢時，蛋白質(zhì)遷移到的位置對應(yīng)的pH就是該蛋白質(zhì)的等電點(diǎn)。