比較蛋白質組學又稱差異蛋白質組學，主要是通過比較不同條件下樣本的蛋白差異表達，尋找表達水平存在差異的蛋白質，從而揭示機體響應外界環(huán)境變化或者自身生長調節(jié)的本質，解釋生理和病理機制，更好的認識機體生命活動規(guī)律。比較蛋白質組學建立在樣本所表達的全部蛋白質的分析上，需要對全部蛋白進行無差別分析，盡可能多的定性定量鑒定樣品中包含的蛋白質，在此基礎上再進行差異蛋白篩選。這種無差別分析有助于發(fā)現新的蛋白質，或新的表達水平存在差異的蛋白質。

定向蛋白質組學或稱靶向蛋白質組學，顧名思義，其研究對象是特定的，主要指針對某一個或多個特定的目標蛋白質進行定性或定量分析。相較于非靶向蛋白質組學如差異蛋白質組學，靶向蛋白質組學通過限制監(jiān)測特征的數量，有針對性的選擇肽段離子進行質譜數據采集，因此具有更好的準確性、靈敏度和重現性，可以更精準的定量研究復雜樣品中的多個目標蛋白質，更適用于大量樣本的高效快速定性定量鑒定。

總而言之，比較蛋白質組學的優(yōu)勢在于可發(fā)現新的蛋白質或新的表達水平存在差異的蛋白質；定向蛋白質組學目標性更強，可精準的定性定量研究復雜樣品中的多個目標蛋白質，準確性高、靈敏度好。

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