在網(wǎng)上有一個(gè)在Windows下可以運(yùn)行的腳本叫做gmx_mmpbsa.sh，在Linux系統(tǒng)下則應(yīng)該使用gromacs的另外一個(gè)專(zhuān)門(mén)計(jì)算MMPBSA的一個(gè)程序?yàn)間_mmpbsa，這么說(shuō)吧，其實(shí)這兩者在腳本上的名字差別不大（手動(dòng)doge），但是這么講雖然gmx_mmpbsa新出的腳本屏蔽了熵效應(yīng)，但是總感覺(jué)還是g_mmpbsa算出來(lái)的結(jié)果更為精確，g_mmpbsa的支持的計(jì)算的自由能類(lèi)型也更為廣泛，下面計(jì)算的就是非極性溶劑化能的一個(gè)我做的示例：

當(dāng)然也不止這樣子一個(gè)圖，也會(huì)有data格式的數(shù)據(jù)文件作為支持：

但是根據(jù)我之前在Windows下使用gmx_mmpbsa腳本輸出的數(shù)據(jù)貌似只有data，有點(diǎn)不方便比對(duì)數(shù)據(jù)（個(gè)人感覺(jué)），而且也需要在Windows下安裝了git bash環(huán)境下才可以使用，依賴(lài)于apbs，但是這么講g_mmpbsa是擁有內(nèi)置版本的apbs的支持的，而且在官網(wǎng)也給出了相對(duì)詳細(xì)的編譯過(guò)程和使用教程和解釋?zhuān)杏X(jué)還是比較好的，如果說(shuō)要追求技術(shù)含量的話，也可以去研究一下amber中通過(guò)MMPBSA. py的計(jì)算方法，涉及到了prm文件，相當(dāng)于在這個(gè)過(guò)程當(dāng)中也是屬于做了一個(gè)較為完整的動(dòng)力學(xué)模擬了，當(dāng)然也并不是說(shuō)gmx_mmpbsa不好，應(yīng)該是需要改進(jìn)吧，畢竟腳本總歸是一直在不斷進(jìn)步的路上呀，而且是在Windows下可運(yùn)行的，對(duì)于Windows用戶(hù)也是極為方便，希望以后這個(gè)腳本也可以越改越好，加油哈哈??