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一個(gè)小眾的CoRE MOF看板程序,幫你8s篩選想要的MOF!

2022-04-24 10:21 作者:唯理計(jì)算  | 我要投稿

我們?cè)谥暗耐莆闹邢虼蠹彝扑]過不少的cif下載網(wǎng)站。
其中也包括非常適合MOF研究的數(shù)據(jù)庫,比如COD數(shù)據(jù)庫。
具體使用方法如下:

直接在標(biāo)識(shí)地方輸入MOF的慣用名,然后點(diǎn)擊send就可以了。

此處收集的MOF多是挺多的,但是質(zhì)量參差不齊。
有很多MOF是帶有分?jǐn)?shù)占據(jù)或者直接有原子缺失之類的。
說到專業(yè)的MOF結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫CoRE MOF應(yīng)該是最全的了。
這個(gè)數(shù)據(jù)庫目前看下來更適合做高通量計(jì)算的原料庫。
該庫地址https://cmcp-group.github.io/CoRE-MOFs/,大家可以下載2019版查看。
其實(shí)下載下來就是一萬多個(gè)cif的打包。但是命名方式和大家平時(shí)慣用的MOF俗名不太一樣。
說白點(diǎn),資源全是全,但是不知道哪個(gè)是你需要的。


接下來,介紹一個(gè)CoRE MOF看板程序。


該看板其實(shí)是對(duì)CoRE MOF附帶的某個(gè)表格文件的信息的匯總,方便大家更加直觀進(jìn)行MOF材料的篩選。
https://github.com/AndreyBezrukov/CoREMOF_dashboard
https://coremof-dashboard.herokuapp.com/

可以指定下面散點(diǎn)圖的XYZ坐標(biāo)軸的選取參數(shù)
Largest Cavity DiameterPore Limiting DiameterLargest Free Path DiameterDensityAvailable Surface Area m2/cm3Available Surface Area m2/gNot Available Surface Area m2/cm3Not Available Surface Area m2/gAvailable Volume FractionAvailable Volume cm3/gNot Available Volume cm3/g
其中Z軸是以顏色標(biāo)識(shí)的。
頁面最下方還有一個(gè)可對(duì)Z軸數(shù)據(jù)進(jìn)行區(qū)間篩選的工具。
可以在這里限定上方選好的Z的參數(shù)。
稍等幾秒,上面散點(diǎn)圖中的點(diǎn)便會(huì)基于調(diào)整的區(qū)間重新顯示。
此時(shí)把鼠標(biāo)放到上面的散點(diǎn)的點(diǎn)上,就可以看到對(duì)應(yīng)的MOF的名字。
然后去從CoRE MOF中下載的cif壓縮包找到對(duì)應(yīng)名字的即可。
https://zenodo.org/record/3677685#.XzqXbZMzY8M
散點(diǎn)圖中的點(diǎn)還是比較密的,有沒有什么辦法能夠局部放大查看?
當(dāng)然有,仔細(xì)觀察右上角。


當(dāng)然,通過主界面可以看出還可以通過MOF中金屬類型以及是否無序和存在Open Metal Site (OMS),無序不用解釋,做MOF研究的老師和同學(xué)沒少頭疼這個(gè)問題。
至于OMS,如果有同學(xué)不太明白,強(qiáng)烈建議閱讀一下。
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jced.9b00835這也是CoRE MOF 2019的原文。
我個(gè)人很希望CoRE MOF可以出個(gè)俗名對(duì)照表,這樣能夠讓該資源也可以被我們這些常人所用。
當(dāng)然 ,如果是我的認(rèn)識(shí)淺薄導(dǎo)致未能好好利用該數(shù)據(jù)庫,還請(qǐng)?jiān)谠u(píng)論區(qū)點(diǎn)撥一下。


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