GSEA分析原理及流程方法【百邁客生物】

GSEA的輸入是一個基因表達量矩陣，樣本分成A和B兩組，首先按照差異表達程度對所有基因進行排序。排序后的基因列表，頂部是上調的差異基因，底部是下調的差異基因。原理有些復雜，但是網(wǎng)友的解釋簡明易懂——給定一個排序的基因表L（待分析的數(shù)據(jù)集）和一個預先定義的基因集S (比如某個代謝通路的基因集，基因組上物理位置相近的基因，或同一GO注釋下的基因)，GSEA的目的是判斷S里面的成員在L中是隨機分布還是主要聚集在L的頂部或底部。這些基因排序的依據(jù)是其在不同表型狀態(tài)下的表達差異，若基因集S的成員顯著聚集在L的頂部或底部，則說明此基因集成員對表型的差異有貢獻，也是我們關注的基因集。

常見的GSEA富集分析的結果圖形有3種類型，分別為如圖1所示的標準GSEA富集分析圖形；圖2所示GSEA富集總的結果圖形；圖3所示的GSEA富集分析結果點陣圖。