結(jié)論：

interfaceResidue object_name, chain R, chain A + chain B + chain C + chain N

select hydrophobes,(resn ala+gly+val+ile+leu+phe+met+pro+trp)

show sticks, (interface and hydrophobes and (!name c+n+o))

分兩步，首先找到相互作用界面，其次選中疏水氨基酸并展示側(cè)鏈。

1、InterfaceResidues - PyMOLWiki，去這個(gè)網(wǎng)址下載腳本，InterfaceResidues.py。

先運(yùn)行腳本，操作如下

File → Run → InterfaceResidues.py

隨后輸入命令行，例如下圖

interfaceResidue 5un6_B12, chain A, chain E?

原理：通過某氨基酸（在一條鏈中的表面積）和（在復(fù)合物中的表面積）的差別（大于閾值）辨別出出位于界面的氨基酸。

如果復(fù)合物有多個(gè)鏈，可以參照一下格式：下面是受體和G蛋白復(fù)合物界面的一個(gè)例子，chain R 是受體，剩下部分是由多條鏈形成的G蛋白復(fù)合物。

interfaceResidue object_name, chain R, chain A+chain B+chain C+chain N?#會(huì)有一些誤選，選到少數(shù)ChainA, B, C, N之間的氨基酸

這時(shí)pymol會(huì)自動(dòng)形成一個(gè)新的selection 名稱是interface

2、選中疏水氨基酸，選中疏水氨基酸和interface的交集，展示側(cè)鏈

select hydrophobes, (5un6_B12 and resn ala+gly+val+ile+leu+phe+met+pro+trp)?

#這是選中object 5un6_B12中的疏水氨基酸，and表示交集，適用同一窗口打開多個(gè)結(jié)構(gòu)時(shí)，不想選中別的結(jié)構(gòu)時(shí)，根據(jù)pymol官方文檔，疏水氨基酸有9個(gè)?

show sticks, (interface and hydrophobes and (!name c+n+o))

如果打開了多個(gè)object，而只想分析object內(nèi)的相互作用，

命令改為

select hydrophobes, (5un6_B12 and resn ala+gly+val+ile+leu+phe+met+pro+trp)?

show sticks, (interface and hydrophobes and (!name c+n+o))

上面兩步是一個(gè)粗略的展示，主打一個(gè)方便，具體相互作用還要人去分析。其他氨基酸側(cè)鏈之間例如C和Y之間的相互作用就無法通過上述步驟找出。