免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation，Co-IP）可在體外檢測兩種蛋白質之間特定相互作用的存在。Co-IP在非變性條件下裂解細胞，保留了許多細胞內蛋白質相互作用。如果蛋白質 X 能與抗體特異結合，那么與蛋白X相互結合的蛋白Y會通過蛋白X與抗體的特異性識別一起沉淀下來。通過研究蛋白質 Y，可以確認蛋白質 X 和 Y 之間的相互作用。在Co-IP分析中，誘餌蛋白和獵物蛋白呈天然構象狀態(tài)，其相互作用發(fā)生在體內，受外部影響較少，且不需要克隆和異源表達，只需要選擇合適的抗體即可開始實驗。

Pull Down是一種利用誘餌蛋白富集與誘餌蛋白相互作用的蛋白質的體外親和純化方法。免疫共沉淀利用抗體蛋白識別并結合相互作用的蛋白X和Y，而Pull Down將目標蛋白作為誘餌蛋白直接識別并結合能與其相互作用靶蛋白，具有純化低豐度蛋白質復合物的能力，通常用于體內外的轉錄系統(tǒng)。

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