蛋白質(zhì)是由氨基酸通過脫水縮合形成的多肽鏈，在蛋白質(zhì)酶的作用下蛋白質(zhì)會發(fā)生水解，氨基酸殘基之間的肽鍵會發(fā)生斷裂生成多肽小分子。蛋白質(zhì)的氨基酸組成及排列順序又稱為蛋白質(zhì)的一級結(jié)構(gòu)，是決定其高級結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)，在很大程度上決定了蛋白質(zhì)的種類和功能等，蛋白質(zhì)的一級結(jié)構(gòu)也為蛋白質(zhì)特別是一些蛋白類藥物的體外合成提供了理論基礎(chǔ)。

隨著生命科學(xué)技術(shù)的發(fā)展，蛋白質(zhì)序列測定的方法也層出不窮，如Sanger法、Edman降解法、二硝基氟苯法（FDNB法）、丹磺酰氯法（DNS法）、肼解法、羧肽酶法以及基于質(zhì)譜的方法等，可以實現(xiàn)蛋白質(zhì)的C/N末端以及全長序列的分析。蛋白質(zhì)水解物肽序列的鑒定是蛋白質(zhì)序列分析中十分重要的內(nèi)容，對蛋白質(zhì)進行全序列分析是基于分析蛋白質(zhì)水解物多肽的序列來實現(xiàn)的，通常利用質(zhì)譜技術(shù)對多肽的氨基酸組成和排列順利進行鑒定，再將各多肽片段進行拼接進而得到完整的蛋白質(zhì)氨基酸序列。