蛋白磷酸化也是植物中重要的蛋白翻譯后修飾方式，幾乎參與調(diào)節(jié)植物所有生命活動過程，如植物的生長發(fā)育以及對各種逆境的響應(yīng)等等。因此，分析關(guān)鍵蛋白質(zhì)的磷酸化以及磷酸化水平的變化規(guī)律等有助于揭示植物重要代謝途徑的分子機制。植物蛋白磷酸化質(zhì)譜就是利用質(zhì)譜技術(shù)對植物蛋白質(zhì)的磷酸化修飾進行分析，包括磷酸化蛋白的鑒定、磷酸化氨基酸位點鑒定以及磷酸化水平分析等。

質(zhì)譜技術(shù)可以對各種蛋白以及其翻譯后修飾進行鑒定，鑒定原理和大致流程也都相似，都是利用質(zhì)譜儀對磷酸化肽段離子進行串聯(lián)分析，再將質(zhì)譜數(shù)據(jù)結(jié)合生物信息學手段以及軟件數(shù)據(jù)庫進行比較分析，從而實現(xiàn)對磷酸化蛋白的定性和定量分析。由于磷酸化蛋白質(zhì)在正常生理狀態(tài)下豐度較低，因此有必要在利用質(zhì)譜技術(shù)進行蛋白質(zhì)磷酸化分析前對磷酸化蛋白進行富集，更利于后續(xù)檢測的順利進行。

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